Выращивание генетически модифицированных растений может быть сопряжено с рисками для окружающей среды, включая почвенные микроорганизмы, которые выполняют важные биосферные функции. В работе использовали трансгенные растения томата (Solanum lycopersicum L.) селекционной линии, полученной из сорта Ямал, с геном синтеза холиноксидазы codA, кодирующим устойчивость к осмотическому стрессу. Контролем служили нетрансформированные растения той же селекционной линии. После 20 недель выращивания в почвенной культуре проводили ампликонное секвенирование 16S рРНК тотальной ДНК из ризосферы. Анализ таксономического разнообразия и структуры бактериального сообщества ризосферы показал увеличение доли доминантного филума Proteobacteria (с 62 до 64%) и снижение Bacteroidetes (с 19 до 17%) у трансгенных растений по сравнению с контролем. В ризосфере генномодифицированных растений не выявлены классы Spartobacteria и Chloroflexia, присутствующие у контрольных растений, но обнаружены классы Caldilineae и Holophagae, отсутствующие в ризосфере контрольных растений. Таксономический анализ на родовом уровне выявил у генномодифицированных растений сокращение долевого участия родов Sphingomonas, Rhizomicrobium, Pseudolabris (на 0,6–1,2%) и увеличение относительного обилия родов Deviosia и Bauldia (на 1,2–1,3%). В ризосфере трансгенных растений исчезли роды Sphingobium, Pedomicrobium, присутствующие у контрольных растений, и появились рр. Micavibrio и Chryseolinea. Индекс разнообразия Шеннона составил 8,62 и 8,77, Чао1 – 1075 и 1122 у контрольных и трансгенных растений соответственно. Таким образом, в ризосфере изученных трансгенных растений выявлены изменения состава и структуры бактериального комплекса, которые могут привести к нарушению функций микробной системы почвы.