Впервые проведëн микросателлитный анализ двух популяций пятнистого оленя (Cervus nippon hortulorum), акклиматизированного в европейской части Российской Федерации – Тверской (Госкомплекс «Завидово») и Калужской (Госкомплекс «Таруса») областях. Рассчитанные по 12 локусам показатели F-cтатистики указывают на недостаток гетерозиготных генотипов и свидетельствуют о слабой дивергенции популяций. В межпопуляционном сравнении бльшим аллельным разнообразием и значительным количеством приват-аллелей отличалась тверская популяция. Генетическая изменчивость по наблюдаемой и ожидаемой гетерозиготности для тверской популяции составила HO 0,47 и HE 0,51 и для тарусской HO 0,52 и HE 0,49, соответственно. При этом обе изучаемые популяции пятнистых оленей характеризовались снижением аллельного разнообразия и гетерозиготности относительно «материнской» аборигенной дальневосточной популяции. Соответственно, на современном этапе управления охотничьими ресурсами обоснованное искусственное расширение ареала редких и особенно ценных в хозяйственном отношении видов животных за счëт их расселения и акклиматизации невозможно без проведения генетического анализа популяций с использованием высоко полиморфных молекулярных маркëров и применения стандартных оценочные показатели динамических процессов в популяциях. По результатам исследования можно сделать выводы о том, что генетическое разнообразие исследованных акклиматизированных популяций пятнистого оленя Тверской и Калужской областей достоверно не отличается. При этом различие в количестве приватных аллелей предполагает независимое развитие генофондов популяций, а резкое сокращение аллельного разнообразия (в три раза) исследованных популяций по сравнению с «материнской» Приморской популяцией показывает, что они нуждаются в проведении мероприятий по «оздоровлению» их генофонда с целью увеличения жизнеспособности.